A központi idegrendszer neuronjai és a gyomor-bél rendszer sejtjei állítják elő. Fontos szerepet játszik a testhőmérséklet, hangulat, hányinger, szexualitás, alvás, és az étvágy szabályozásában. Az alacsony szerotonin-szint felelős lehet a depresszió, migrén, fülzúgás, és számos idegi zavar kialakulásáért.